Program CEEPUS jest pierwszym programem współpracy wielostronnej w dziedzinie edukacji krajów Europy Środkowej, ustanowionym na podstawie wielostronnej umowy międzynarodowej. Podstawowym celem Programu jest wspieranie wymiany akademickiej w zakresie kształcenia i doskonalenia zawodowego zarówno studentów, doktorantów, jak i nauczycieli akademickich. Umożliwia on intensyfikację kontaktów między szkołami wyższymi krajów będących Stronami Porozumienia. Aktualnie ze strony polskiej w realizacji Programu CEEPUS uczestniczą głównie szkoły wyższe nadzorowane przez Ministra Edukacji Narodowej oraz Ministra Kultury i Ministra Zdrowia.
Celem programu jest umożliwienie młodym naukowcom, w tym uczestnikom studiów doktoranckich, udziału w badaniach naukowych prowadzonych w renomowanych zagranicznych ośrodkach naukowych pod opieką wybitnych naukowców o międzynarodowym autorytecie w danej dziedzinie nauki.
Program skierowany jest do nauczycieli akademickich oraz naukowców ze szkół wyższych i innych jednostek naukowych. Priorytetem jest wspieranie kształcenia i zdobywania specjalności przez młodych naukowców (magistrantów, doktorantów i naukowców tuż po doktoracie).